Psycho-Pass Season 2 Menceritakan Akane Tsunemori yang melanjutkan pekerjaannya sebagai inspektur — menegakkan penilaian Sistem Sibyl. Bergabung dengannya Seorang penegak baru dan inspektur junior Mika Shimotsuki, seorang wanita muda yang membabi buta dan tidak loyal terhadap Sibyl. Ketika Akane merenungkan sifat pekerjaannya dan legitimasi putusan Sibyl, ancaman baru yang mengganggu muncul.
Seorang tokoh misterius telah menemukan cara untuk mengendalikan Koefisien Kejahatan — angka yang dikumpulkan dari pemindaian mental yang memungkinkan Sibyl mengukur kesehatan psikologis dan mengidentifikasi para penjahat potensial. Melalui cara-cara ini, ia mampu membunuh seorang penegak, meninggalkan petunjuk rahasia: “WC?” tertulis dengan darah di dinding.
Akane dan anggota Divisi 1 lainnya segera menemukan diri mereka memainkan permainan mematikan melawan musuh baru mereka, berhadapan muka dengan konspirasi yang mengancam tidak hanya otoritas Sistem Sibyl, tetapi juga dasar pendirian keyakinan Akane sendiri.