Eureka Seven Season 2

Ceritanya berlatar di pulau Iwado yang terisolasi di Okinawa, yang telah menyaksikan gerakan yang berkembang yang menganjurkan kembalinya ke pemerintahan otonom. Ao Fukai, seorang bocah lelaki berusia 12 tahun dengan ayah yang hilang, tinggal di pulau itu bersama seorang dokter tua bernama Toshio dan akan memasuki sekolah menengah. Ibu Ao dibawa pergi satu dekade lalu oleh orang tak dikenal. Naru Arata, teman masa kecil Ao yang berusia 12 tahun dan tokoh utama dalam cerita, tinggal bersama ayah, kakak perempuan, dan neneknya. Dia memiliki kekuatan “Yuta” yang terbangun dalam dirinya karena sebuah insiden ketika dia masih muda. Entitas misterius yang disebut “Rahasia” tiba-tiba muncul dan meluncurkan serangan terhadap makhluk hidup Scub Coral di pulau itu. Ao meluncurkan FP militer tertentu yang disebut “Nirvash” di atas transportasi militer Jepang dalam keinginan kuatnya untuk melindungi pulau itu.